El 2007, el bufet Covingtoh & Burling LLP, que representava els interessos de set inversors espanyols, accionistes de Yukos, va presentar una demanda contra Rússia al Tribunal Internacional d'Arbitratge d'Estocolm. Els demandants van exigir una indemnització al govern rus, referint-se al fet que, a causa de les accions de les autoritats estatals i judicials de la Federació Russa, van patir pèrdues financeres. I, d'acord amb l'acord rus-espanyol sobre protecció mútua de les inversions, les pèrdues sofertes pels inversors com a conseqüència de les accions il·legals de l'Estat estan subjectes a compensació.
L'essència de la demanda era que la part russa va fer fallida deliberadament a YUKOS, cosa que va causar danys financers als accionistes de la companyia. Les persones autoritzades de Rússia, que apareixien a l’arbitratge d’Estocolm com a acusades, no van reconèixer la reclamació, ja que, al seu parer, la direcció de Yukos va evadir durant molt de temps el pagament d’impostos a gran escala i va cometre altres violacions de les lleis. de la Federació Russa. Això és precisament el que va causar els casos penals contra la direcció de YUKOS, així com la seva fallida.
No obstant això, el Tribunal d'Arbitratge d'Estocolm va fer costat als demandants, sentenciant que Rússia els hauria de pagar 2,7 milions de dòlars en compensació per les pèrdues sofertes. L'import de les pèrdues es va calcular en funció de la quantitat de capitalització de YUKOS en el moment de la fallida. La decisió del tribunal arbitral va subratllar que les reclamacions fiscals només eren un pretext per a la confiscació d’actius de Yukos i que l’objectiu real del processament penal de la direcció de l’empresa era el desig de no recaptar legalment impostos, sinó d’expropiar-la. És a dir, el tribunal va arribar a la conclusió que la part russa va fallir deliberadament a YUKOS perquè les empreses estatals Rosneft i Gazprom rebessin la major part dels seus actius. Cal assenyalar que aquesta és ja la segona decisió del Tribunal d'Arbitratge d'Estocolm, que no estava a favor de Rússia basada en les reclamacions dels accionistes de Yukos.
Per què Rússia perd aquestes demandes al tribunal d’arbitratge internacional? Es pot, per descomptat, referir-se a una massiva campanya de propaganda, com a resultat de la qual l'ex cap de Yukos, M. Khodorkovsky, va aparèixer als ulls de l'opinió pública occidental com un oposicionista que patia per les seves conviccions polítiques i democràtiques. Es pot assenyalar una actitud molt antipàtica dels cercles governants de Suècia cap a Rússia. Tot i això, el fet continua sent: a Occident, creuen que les autoritats russes de l’afer Iukos van violar el dret de propietat. I el concepte mateix de "propietat" és sagrat allà.
Una decisió similar la va prendre el Tribunal de Drets Humans d'Estrasburg, que, tot i que va admetre que la persecució de Yukos i el seu lideratge no estava motivada políticament, va assenyalar, no obstant això, la violació dels drets de propietat en la redistribució dels béns de l'empresa.
